Una vez la guerra terminó y el edificio recuperó su antiguo uso, Karol fue maestro en el Seminario menos de una década después del final del conflicto armado. En 1991, y ya siendo Papa, Karol Wojtyła visitó de nuevo la que una vez fue su casa; su centro de estudios en Cracovia.
La diócesis se creó alrededor del año 1000, algunos sugieren que la fundó Mieszko I, el rey de Polonia en 984. La invasión checa de 1039 destruyó los archivos eclesiásticos y en consecuencia, los primeros obispos, llamados Prochorus, Proculpus y Proppo, son poco conocidos o legendarios. La primera lista episcopal se compiló en 1266, la segunda en 1347.
En 1772, la diócesis pierde sus territorios al sur del Vístula. En 1790 se separó de nuevo para la creación de los obispados de Lublin y Kielce. A principios del siglo XX había 850.000 católicos, 4.000 protestantes y 60.000 judíos en las 197 parroquias de la diócesis. El emperador de Austria tuvo el privilegio de nombrar al príncipe-obispo luego de consultarlo con los obispos de Galicia.
El Seminario mayor de la arquidiócesis está situado muy cerca del Castillo de Wawel.