Su fachada se compone de tres niveles, con los más altos en forma de arco o puerta de enlace y que tiene un significado puramente decorativo. El interior de la iglesia tiene pinturas murales que cubren gran parte de las bóvedas. Una de las más visibles es una pintura del fundador de la Orden de San Juan, conocida como “Prisioneros del cautiverio”. Se caracteriza por su claridad, por la composición transparente. La decoración de la bóveda se hizo a medidados del siglo XVIII, obra de José Piltz de Kromieryż.
La Iglesia de los Hermanos Hospitalarios está situada entre el río Vístula y el Barrio judío (Kazimierz).