Su fachada se compone de tres niveles, con los más altos en forma de arco o puerta de enlace y que tiene un significado puramente decorativo. El interior de la iglesia tiene pinturas murales que cubren gran parte de las bóvedas. Una de las más visibles es una pintura del fundador de la Orden de San Juan, conocida como «Prisioneros del cautiverio». Se caracteriza por su claridad, por la composición transparente. La decoración de la bóveda se hizo a medidados del siglo XVIII, obra de José Piltz de Kromieryż.
La iglesia alberga una serie de pinturas y decoraciones religiosas de diversas épocas. Entre las obras notables se encuentra un crucifijo gótico y una representación de la Última Cena. También podremos encontrar una pintura que presenta la redención de los cautivos cristianos de las manos turcas.
Al lado de la iglesia hay una pasarela peatonal y de bicicletas en el Vístula, llamada «Bernatka». Debe su nombre al padre Laetus Bernatek, que contribuyó en la construcción del hospital de la Orden de San Juan de Dios en Cracovia.
Visitar la Iglesia de los Hermanos Hospitalarios
La Iglesia de los Hermanos Hospitalarios está situada entre el río Vístula y el Barrio judío (Kazimierz). Los visitantes son bienvenidos a explorar el interior de la iglesia durante ciertas horas. Es un lugar tranquilo y hermoso para reflexionar y admirar la arquitectura y el arte.